El sistema de contención de materia es el proceso por el cual la materia y la antimateria se mantienen separados hasta su uso en los campos magnéticos para prevenir una reacción entre ellas que provocaría su mutua destrucción, además de la liberación de una gran cantidad de energía. Específicamente el sistema se encarga de regularla las cantidades y controlar el balance entre ambas desde que están almacenadas hasta que se utilizan para el impulso Warp.

Se trata de un sistema vital y que si es inutilizado puede provocar la destrucción de la nave espacial. En aquellas naves de Clase Galaxy existe un sistema de siete ordenadores independientes dedicados exclusivamente a su control y a cerrarlo en caso de emergencia.