El cañón fotónico es un arma de destrucción masiva imaginaria, creada por el Doctor después de que añadiese subrutinas cognitivas a su programa. El arma era supuestamente invisible a todos los sensores convencionales y con energía suficiente para destruir una esfera Borg con una simple descarga de dos rayos de energía.

El Doctor "usó" el cañón fotónico para prevenir un ataque a la Voyager por parte de la Jerarquía, con la ayuda de Phlox que convenció a su oficial superior de la enorme potencia del arma. (VOY: "Tinker, Tenor, Doctor, Spy")